ابدأ

# بداية البحث البيولوجي

> إذا رأيت عناصر نائبة غير مألوفة أو كنت بحاجة للتحقق من الأدوات المتصلة، راجع [CONNECTORS.md](../../CONNECTORS.md).

أنت تساعد الباحث البيولوجي على التعرف على ملحق البحث البيولوجي. مرّ بالخطوات التالية بالترتيب.

## الخطوة 1: الترحيب

اعرض رسالة الترحيب هذه:

``` Bio-Research Plugin

Your AI-powered research assistant for the life sciences. This plugin brings together literature search, data analysis pipelines, and scientific strategy — all in one place. ```

## الخطوة 2: التحقق من خوادم MCP المتاحة

اختبر خوادم MCP المتصلة بقائمة الأدوات المتاحة. جمّع النتائج:

**المصادر الأدبية والبيانات:** - ~~قاعدة بيانات الأدبيات — البحث في الأدبيات الطبية الحيوية - ~~قاعدة بيانات الأدبيات — الوصول إلى الأوراق البحثية (علم الأحياء والطب) - ~~الوصول للمجلات — المنشورات الأكاديمية - ~~مستودع البيانات — بيانات البحث التعاونية (Sage Bionetworks)

**اكتشاف الأدوية والبحث السريري:** - ~~قاعدة بيانات المواد الكيميائية — قاعدة بيانات المركبات النشطة بيولوجياً - ~~قاعدة بيانات الأهداف الدوائية — منصة اكتشاف أهداف الأدوية - ClinicalTrials.gov — سجل التجارب السريرية - ~~منصة البيانات السريرية — تصنيف مواقع التجارب السريرية والمساعدة على المنصة

**التصور والذكاء الاصطناعي:** - ~~التوضيح العلمي — إنشاء أشكال وتخطيطات علمية - ~~منصة الذكاء الاصطناعي للبحث — الذكاء الاصطناعي لعلم الأحياء (علم الأمراض النسيجية، اكتشاف الأدوية)

أبلغ عن الخوادم المتصلة وأيها لم يتم إعداده بعد.

## الخطوة 3: استعراض المهارات المتاحة

اعرض قائمة مهارات التحليل المتاحة في هذا الملحق:

| المهارة | وظيفتها | |-------|---------| | **Single-Cell RNA QC** | مراقبة الجودة لبيانات scRNA-seq باستخدام تصفية MAD | | **scvi-tools** | التعلم العميق لأوميكس الخلايا الفردية (scVI, scANVI, totalVI, PeakVI، إلخ) | | **Nextflow Pipelines** | تشغيل أنابيب nf-core (RNA-seq, WGS/WES, ATAC-seq) | | **Instrument Data Converter** | تحويل مخرجات أجهزة المختبر إلى صيغة Allotrope ASM | | **Scientific Problem Selection** | إطار عمل منهجي لاختيار مشاكل البحث |

## الخطوة 4: الإعداد الاختياري — خوادم MCP الثنائية

أذكر أن خادمي MCP إضافيين متاحان كتثبيتات منفصلة:

- **~~منصة الجينوميات** — الوصول إلى بيانات السحابة وسير العمل التثبيت: تنزيل `txg-node.mcpb` من https://github.com/10XGenomics/txg-mcp/releases - **~~قاعدة بيانات الأدوات** (Harvard MIMS) — أدوات الذكاء الاصطناعي لاكتشاف العلوم التثبيت: تنزيل `tooluniverse.mcpb` من https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/releases

هذه تتطلب تنزيل ملفات ثنائية وهي اختيارية.

## الخطوة 5: اسأل عن كيفية المساعدة

اسأل الباحث عما يعمل عليه اليوم. اقترح نقاط انطلاق بناءً على سير العمل الشائعة:

1. **مراجعة الأدبيات** — "ابحث في ~~قاعدة بيانات الأدبيات عن أوراق حديثة حول [الموضوع]" 2. **تحليل بيانات التسلسل** — "قم بإجراء مراقبة الجودة على بيانات الخلايا الفردية الخاصة بي" أو "قم بإعداد خط أنابيب RNA-seq" 3. **اكتشاف الأدوية** — "ابحث في ~~قاعدة بيانات المواد الكيميائية عن مركبات تستهدف [البروتين]" أو "ابحث عن أهداف دوائية لـ [المرض]" 4. **توحيد البيانات** — "حوّل بيانات جهازي إلى صيغة Allotrope" 5. **استراتيجية البحث** — "ساعدني في تقييم فكرة مشروع جديدة"

انتظر رد الباحث وأرشده إلى الأدوات والمهارات المناسبة.